De opleiding wordt afgesloten met een afstudeeronderzoek in het vierde jaar van de opleiding. Het afstuderen is een proeve van bekwaamheid voor de studenten, waarin ze het geleerde in praktijk brengen. Voor Technische Natuurkunde duurt het afstuderen 5 maanden, bij Appleid Science 7 maanden.
Afstudeerplaatsen Technische Natuurkunde
Er zijn vele mogelijkheden voor een afstudeeropdracht. Voor Technische Natuurkunde kan dat bij grote bedrijven zoals Philips, Océ en DAF zijn. Het MKB biedt ook veel afstudeerplaatsen. TNO, KEMA, SRON, Holstcentrum en FOM zijn onderzoeksinstellingen waar studenten afstuderen. Onderzoek en ontwikkeling gebeurt ook binnen ziekenhuizen, bij voorbeeld het Catharina Ziekenhuis, UMC Radboud en het Dr. Bernard Verbeeten Instituut. Goede contacten zijn er met universiteiten en met ingenieursbureaus, zoals Peutz BV, M+P en Cauberg-Huijgen.
Afstudeerplaatsen Applied Science
De opleiding Applied Science heeft afstudeerplaatsen bij o.a. Shell, DSM, Océ, Akzo-Nobel en Organon-MSD, bij ziekenhuizen zoals Maxima Medisch Centrum, Leids Universitair Medisch Centrum en Erasmus MC. Afstudeeropdrachten kunnen plaatsvinden op het gebied van voedingsmiddelen en landbouw: Bavaria, Mars, Campina en ATO-DLO, of op milieugebied zoals bij Waterschappen en analyse-laboratoria.
Afstuderen in het buitenland
Een aanzienlijk deel van de studenten kiest voor een afstudeeropdracht in het buitenland. De opleidingen hebben hiervoor veel contacten, in Europa, Canada, USA, Azie, Australie en Nieuw-Zeeland. Voorbeelden hiervan zijn de National Resource Council in Ottawa, ENEA-Frascati in Rome, het Brunel Institute for Bioengineering in Londen, het Deutsches Labor fur Luft- und Raumfahrt in Keulen, CERN in Genève, University of Adelaide, Universidad de Lleida in Spanje, het SIAF (Schweizerisches Institut fuer Astma Forschung) in Davos en Waikato University in N-Zeeland.
De door bedrijven en instellingen aangeleverde stage- en afstudeeropdrachten worden in een vacaturebank geplaatst. Op basis van de geformuleerde opdrachten kunnen studenten een bewuste keuze maken.
Afstuderen bij of via lectoraten
De student kan kiezen voor een afstudeeropdracht bij de Fontys-lectoraten, zoals Functionale Polymeren, Automotive en het Kenniscentrum Mechatronica. De onderzoeken kunnen ook georganiseerd worden via het lectoraat bij bedrijven waarmee wordt samengewerkt
Afstuderen in contractvorm
Hierbij betaalt de opdrachtgever aan Fontys TNW, waarbij Fontys-TNW expertise van een vakdocent aan de student toevoegt. Dat kan zijn als aanvulling op de eigen beperkte beschikbare begeleidingscapaciteit van een bedrijf, vaak ook om gebruik te maken van de kennis van de vakdocent of om over bepaalde apparatuur te kunnen beschikken. In een dergelijke vorm kunnen de projectdoelen dan ook hoger gesteld worden.