Fontys Hogescholen heeft zijn onderwijs georganiseerd binnen instituten. Elk instituut heeft een eigen medezeggenschapsraad: een IMR.
De IMR'en bestaan ieder uit twee geledingen: een studentengeleding en een personeelsgeleding.
De instituutsdirectie overlegt met de IMR over het te volgen beleid binnen het instituut. Dit kan zijn de interne organisatie, de beleidsuitgangspunten van de instituutsbegroting, regelingen op het gebied van veiligheid en projecten om het onderwijs verder te verbeteren.
De IMR heeft, net zoals de Centrale Medezeggenschapsraad, instemmings- en adviesbevoegdheden. Die staan vermeld in het Fontys Medezeggenschapsreglement.
Naast vergaderingen met de totale raad, kent bijna iedere IMR afzonderlijke vergaderingen per geleding.
De personeelsgeleding richt haar aandacht daarbij op specifieke personele aangelegenheden en de studentenfractie op studentspecifieke onderwerpen. Voorbeelden daarvan zijn de Onderwijs- en examenregeling (de OER) en de vrijwillige studentenbijdrage.
Iedere IMR heeft afspraken gemaakt met de directie over de wijze waarop de raad wordt ondersteund.
Voor de studenten van de IMR-en geldt dat zij ondersteuning krijgen van medewerkers van het studentencentrum.